El diseño del museo toma su inspiración de los palafitos, estructuras tradicionales sobre el agua, comunes en las comunidades indígenas de la región del Lago de Maracaibo. Los palafitos representan no solo la adaptación arquitectónica al entorno lacustre, sino también una forma de vida en armonía con la naturaleza. Este concepto de integración y respeto por el medio ambiente se refleja en la estructura del museo, donde las salas de exhibición están diseñadas para emular la sensación de estar sobre el agua, creando una conexión simbólica con las tradiciones indígenas.

Además de honrar las tradiciones del pasado, el museo incorpora elementos de la arquitectura futurista para proyectar una visión moderna y vanguardista del espacio cultural. Las líneas audaces, los materiales innovadores y las tecnologías avanzadas se combinan para crear un edificio que no solo destaca por su estética contemporánea, sino que también ofrece una experiencia inmersiva y multisensorial a los visitantes. La integración de tecnologías interactivas permitirá a los visitantes explorar las exposiciones de manera dinámica y participativa, fomentando un mayor entendimiento y apreciación de la cultura indígena.